За домовленістю, закріпленою в ІІ Універсалі, Центральна Рада підготувала статут Генерального секретаріату. Вона сподівалася, що Тимчасовий уряд затвердить його і визнає широкі повноваження українського уряду на всіх землях з українською більшістю.
Натомість 17 серпня 1917 р. Тимчасовий уряд видав власний документ — «Тимчасову інструкцію». У ній Генеральний секретаріат називали місцевим органом Тимчасового уряду. Його влада поширювалася лише на п'ять губерній: Київську, Волинську, Подільську, Полтавську й Чернігівську.
Кількість секретарств скоротили. Військові, судові, продовольчі справи, шляхи сполучення, пошту й телеграф передали під контроль Петрограда.
В Україні інструкцію сприйняли як порушення домовленостей. Центральна Рада після гострих дебатів погодилася з нею, але довіра до Тимчасового уряду різко впала. Уряд Винниченка подав у відставку, і склад секретаріату довелося формувати заново.
Де історики не згодні
За старим стилем — 4 серпня 1917 р. Інструкція визнавала владу Генерального секретаріату лише в Київській, Волинській, Подільській, Полтавській і Чернігівській губерніях. Харківщину, Катеринославщину, Херсонщину й Таврію вона залишила поза автономією, хоча там теж жило багато українців.